1645 Die Schlacht von Auldearn
1645, in der Schlacht von Auldearn, in Nairnshire, widersetzte sich der Clan dem königlichen Führer James Graham, 1. Marquess of Montrose, und kämpfte unter einem Fraser of Struy (aus einem kleinen Dorf an der Mündung von Glen Strathfarrar). Die Schlacht brachte 87 Fraser-Witwen hervor. Ein Gedicht über die Schlacht lautet:
“Hier tötet Fraser Fraser, ein Browndoth tötet einen Browndoth.
ein Bold einen Bold einen Bold, und Lieth’s von Lieth wurde gestürzt.
Ein Forbes gegen ein Forbes und ihre Doeth stehen,
Und Drummonds kämpfen mit Drummonds Hand in Hand.
Dort verursacht der Dith Magill den Tod eines Magills,
und Gordon hat die Kraft von Gordon, es zu versuchen.
Oh! Schottland, waren sie doch verrückt? Abseits deiner eigenen einheimischen Schlucht.
So viel bis jetzt, dass du noch nie zuvor vergossen hast.”
1649 Die zweite Belagerung von Inverness
1649 griff der Clan Fraser of Lovat unter Oberst Hugh Fraser zum zweiten Mal das Schloss Inverness an, diesmal während eines royalistischen Aufstandes, zusammen mit John Munro von Lemlair, Thomas Urquhart und Thomas Mackenzie von Pluscardine. Sie alle waren gegen die Autorität des Parlaments, griffen die Stadt an und nahmen die Burg in der Belagerung von Inverness (1649) ein. Dann vertrieben sie die Garnison und errichteten die Befestigungen. Auf dem Weg der parlamentarischen Kräfte unter der Führung von General Leslie zogen sich die Clans jedoch zurück nach Rossshire.
Weitere Konflikte zwischen 1650 und 1689
Im Laufe des nächsten Jahres fanden mehrere Scharmützel zwischen diesen Parteien statt. Während der Belagerung von Inverness (1650) verteidigten die Covenanter Frasers of Lovat unter Sir James Fraser von Brea erfolgreich Inverness Castle gegen die Royalisten.
1650, in der Schlacht von Dunbar, kämpfte der Clan Fraser gegen die Truppen von Oliver Cromwell. Doch die Bündnispartner wurden besiegt.
1651 trat der Clan Fraser der Armee Karls II. in Stirling bei. Sie kämpften in der Schlacht von Worcester, wo die Armee des Königs von Oliver Cromwells New Model Army besiegt wurde.
1689 setzte die Glorreiche Revolution den römisch-katholischen König James VII. als Monarch von England ab und ersetzte den König durch seine protestantische Tochter Mary, ihrem Mann und Cousin William von Orange. Eilig daraufhin wurde im März in Edinburgh eine Konvention der Stände einberufen, die William & Mary als gemeinsame Monarchen von Schottland unterstützte. Doch zu weiten Teilen Schottlands, insbesondere in den Highlands, galt James immer noch als der rechtmäßige, legitime König.
Am 16. April 1689 hob John Graham von Claverhouse, Vicunt of Dundee, später bekannt als Bonnie Dundee, den königlichen Rang des kürzlich abgesetzten Königs James VII. auf der Anhöhe des Dundee Law an. Viele der Highland-Clans sammelten sich schnell an seiner Seite. Der Chief des Clan Fraser, Hugh Fraser, versuchte, die Mitglieder seines Clans davon abzuhalten, sich dem Aufstand anzuschließen, ohne Erfolg: Der Clan marschierte ohne ihn und kämpfte in der Schlacht von Killiecrankie.